على الرغم من الحضور الشعبي الكبير في المليونية، واجه المجلس الانتقالي تحديات كبيرة من عدة أطراف داخلية، حيث ان بعض القوى السياسية اليمنية في الشمال والجنوبيين المعارضين لفكرة الانفصال استغلوا الحدث كفرصة لإثارة الخلافات بين قيادات المجلس والضغط عليه داخلياً.
قوى الشمال ترى في المجلس الانتقالي تهديداً للوحدة الوطنية وتسعى للحد من تأثيره من خلال التشكيك في شرعيته والترويج لفكرة أن المجلس لا يمثل كل أبناء الجنوب ، لكن الحقيقة على الأرض أن الانتقالي يحظى بشعبية واسعة، مما يجعله حجر عثرة أمام هذه الجهود.
بالإضافة إلى ذلك، هناك محاولات داخلية لإثارة التوتر بين مكونات المجلس نفسها، مع توجيه الانتقادات لبعض القيادات وتحريك النزاعات بين أبناء الجنوب ، هذه الاستراتيجية تهدف إلى زعزعة وحدة المجلس وإضعاف موقفه السياسي.